Setelah akhir dari Turnamen Kota Pertempuran, jauh di bawah pasir Mesir, kejahatan kuno telah bangkit. Anubis, yang dikalahkan berabad-abad lalu oleh alter ego Yugi yang misterius – Firaun kuno – telah kembali untuk membalas dendam. Menggunakan kekuatan Item Milenium Kedelapan, Anubis bertekad untuk menghancurkan Yugi dan mengambil alih dunia.
